Режим Истории (ストーリーモード, Story Mode) — режим визуальной новеллы, но здесь есть и битвы. Игрок может выбирать разные варианты ответа, и в зависимости от них, а также от того как он провёл битву, персонаж получит одну из нескольких своих концовок.
В Calamity Trigger, чтобы полностью пройти историю персонажа, нужно просмотреть все возможные пути развития истории, и проиграть всем противникам. Полное прохождение истории персонажа открывает в галерее интервью с сэйю. После того, как игрок получит хотя бы по одной концовке во всех доступных историях, откроются истории Хакумена и Ню -No.13-. После получения их концовок, открывается истинная история. В этой истории нет никаких вариантов выбора, и здесь не нужно проигрывать, чтобы полностью её пройти.
В Continuum Shift, концовки делятся на каноничную, плохую, и юмористичную, и если игрок получит плохую концовку, запустится соответствующая персонажу серия Помоги! Профессор Коконое. Здесь Коконое даёт персонажу советы по достижению каноничной концовки. Юмористичная концовка открывает изображения в галерее. У Хакумена её нет. В этой игре уже не нужно проигрывать всем противникам для полного прохождения истории. Все истории, включая истинную, заблокированы и открываются прохождением определённых историй.
В Continuum Shift II, добавили две побочные истории без битв и вариантов выбора, а в Continuum Shift Extend были добавлены ещё четыре индивидуальные истории.
В Chronophantasma, индивидуальные истории персонажей заменили на три общие истории. История стала линейной, и здесь вообще не нужно проигрывать, но через варианты ответов можно выбрать юмористичные концовки. Все истории поделены на секции. Нужно пройти все эпизоды в соответствующей секции, чтобы перейти на следующую.
В Chronophantasma Extend добавили три индивидуальные истории персонажей, делящиеся на эпизоды, после их прохождения открываются восемь новых юмористичных историй.